El objetivo central del laboratorio de Ciencias es:
Establecer un espacio apropiado en donde se desarrolle y compruebe la técnica y la ciencia para que el alumno con todos los recursos necesarios revise lo planteado por la teoría, la comprobación de conceptos y la simulación de fenómenos naturales, para que desde sus inicios el alumno tenga que usar los últimos adelantos tecnológicos para lograrlo; no se trata de plantear el tradicional laboratorio en donde el alumno repite lo que se le dice en un manual, en donde solo observa y no manipula el material, en donde no mide, en donde no diseña con su ingenio, en donde solo llena de datos sin sentido -para el alumno- en un cuaderno de prácticas.
Actualmente, se concibe al Laboratorio de Ciencias como un ambiente de aprendizaje que enriquece las capacidades tanto conceptuales y procedimentales como actitudinales, por lo que se convierte en un espacio dinámico de aprendizaje donde el alumno puede adquirir nuevos conocimientos a partir de la experimentación, por lo que deja de ser un lugar en donde sólo se comprueban ciertos aspectos abordados en el aula.
Desde el enfoque de la EBC, el Laboratorio de Ciencias se basa en evaluar de manera sistemática y constante el desempeño que tiene el estudiante a través de una serie de actividades que permitan al alumno mostrar el grado de desarrollo de la competencia, bajo situaciones de problemas reales.